알파고와 이세돌의 5번기는 2016년 3월 서울에서 열렸고, 알파고가 최종 전적 4대 1로 이겼다. 알파고는 먼저 3연승해 우승을 확정했으며, 이세돌은 제4국에서 승리해 한 판을 만회했다. 전체 결과는 바뀌지 않았지만, 이 대국은 인공지능이 복잡한 문제를 학습하고 해결하는 방식에 관심을 모았다.

이세돌과 대결하기에 앞서 알파고는 2015년 10월 유럽 챔피언 판후이와 맞붙어 5대 0으로 이겼다. 인공지능이 바둑 프로 기사와 벌인 첫 대국에서 거둔 승리였다. 바둑은 가능한 판의 구성이 10의 170제곱에 이르는 게임으로, 당시 강력한 컴퓨터 프로그램도 인간 아마추어 수준에 머물렀다. 알파고는 다음 수를 선택하는 정책 신경망, 승자를 예측하는 가치 신경망과 탐색 알고리즘을 결합했다. 전문가 대국으로 바둑을 익힌 뒤에는 자기 자신과 수천 차례 대국하며 실수를 통해 개선하는 강화학습을 했다.
알파고는 이세돌과의 대국에서 낯선 수로도 주목받았다. 제2국에서 알파고가 둔 37수는 그 자리에 놓일 가능성이 1만분의 1로 제시됐고, 알파고는 그 대국에서 이겼다. 제4국은 2016년 3월 13일 서울 포시즌스호텔에서 열렸다. 흑을 잡은 알파고에 맞서 백을 둔 이세돌은 180수 만에 불계승했다. 이세돌의 78수가 전환점이 됐고, 뒤이은 알파고의 79수는 대국 해설자들이 실수로 평가했다. 이세돌의 78수도 1만분의 1 가능성으로 묘사될 만큼 예상하기 어려운 수였다.
5번기는 전 세계 2억 명 이상이 지켜봤다. 알파고는 컴퓨터 바둑 기사로는 처음으로 최고 등급인 프로 9단을 받았다. 딥마인드는 이 승리가 신경망과 강화학습을 복잡한 문제에 적용할 수 있음을 보여줬다고 설명했다. 바둑에서 수를 앞서 내다보고 계획하는 능력은 이후 AI 시스템에도 이어졌고, 알파고의 후속 시스템으로 알파제로·뮤제로·알파데브가 개발됐다.
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