얼라인의 SK 주주가치 문제 제기, SK하이닉스 지분 가치는 왜 덜 반영됐나

얼라인파트너스자산운용은 SK㈜의 주주가치가 저평가돼 있다고 주장하며 SK를 행동주의 투자 아이디어로 제시했다. 이창환 얼라인 대표는 2026년 10월 20일(현지시간) 미국 뉴욕에서 열린 ‘13D 모니터 액티브·패시브 투자자 서밋’에서 운용·자문 펀드의 SK 주식 108만8,753주 보유 사실을 공개했다.

지분율은 1.5%다.

얼라인이 문제로 지목한 것은 ‘이중 지주사 할인’이다. SK㈜는 SK스퀘어 지분 32.2%를 보유하고, SK스퀘어는 SK하이닉스 지분 약 20%를 갖고 있다. 이를 반영한 SK㈜의 SK하이닉스 실질 지분율은 약 6.5%다. 얼라인은 이 지분 가치를 약 60조원으로 평가했다.

반면 2026년 10월 16일 기준 자사주를 제외한 SK㈜ 시가총액은 24조9천억원이었다. SK하이닉스 지분 가치가 SK스퀘어와 SK㈜를 거치며 거듭 할인된다는 것이 얼라인의 분석이다.

얼라인은 SK스퀘어를 시가총액이 아닌 내재 순자산가치(NAV)로 평가해 SK㈜의 NAV를 약 100조원으로 산정하고, 이에 대한 시가총액 할인율을 75%로 봤다. 주요 계열사의 예상 이익에 실질 지분율을 적용한 내년 순이익 추정치는 24조4천억원이며, 이를 기준으로 한 주가수익비율(PER)은 약 1배라고 제시했다.

이는 얼라인의 분석과 추정치이지 확정된 실적은 아니다.

얼라인이 재평가의 계기로 꼽은 것은 연내 발표될 SK㈜의 밸류업 계획이다. 비교 사례인 SK스퀘어는 NAV 할인 축소 목표를 경영진 보상과 연동하고 자사주 매입·소각을 적극 검토하기로 했다. 이후 할인율은 61.4%에서 45.2%로 낮아졌다.

2024년 10월 28일부터 2026년 10월 16일까지 SK스퀘어 주가는 746% 올라 같은 기간 SK㈜ 상승률 204%를 웃돌았다. 얼라인은 기존 SK㈜ 계획에 명시적인 할인율 목표가 없었다고 지적했다. 다만 이 대표는 투자 아이디어 공개가 곧 행동주의 캠페인 개시를 뜻하지는 않는다고 밝혔다.