알파고와 이세돌은 2016년 3월 서울에서 5번 대국했고, 알파고가 4승 1패로 이겼다. 딥마인드는 대국을 전 세계 2억 명 넘게 시청했다고 밝혔다. 당시 사전 발표된 대국 일정은 3월 9일부터 15일까지였다.

제2국에서는 알파고의 37수가 눈길을 끌었다. 딥마인드는 인간 프로 기사가 그 수를 둘 확률을 1만 분의 1로 평가했다. 당시 프로 해설자들도 처음에는 실수로 여길 만큼 예상 밖의 수였으며, 이 수는 알파고가 제2국에서 이기는 데 기여하고 바둑의 오랜 통념을 흔든 수로 소개됐다. 제4국에서는 이세돌이 78수를 두어 이겼다. 딥마인드는 그 수 역시 출현 확률이 1만 분의 1이었다고 설명했다. 이후 다양한 수준의 바둑 기사들이 두 수를 살펴왔다고 딥마인드는 전했다.
알파고는 심층 신경망과 탐색 알고리즘을 결합한 시스템이었다. 한 신경망은 다음 수를 선택하고 다른 신경망은 승자를 예측했다. 전문가들의 대국을 학습한 뒤에는 서로 다른 버전끼리 수천 차례 대국하며 실수에서 배우는 강화학습을 했다. 바둑에는 가능한 판의 배치가 10의 170제곱 가지에 이른다. 딥마인드에 따르면 당시 강력한 바둑 프로그램도 인간 아마추어 수준에 머물렀으며, 알파고는 전문가들이 예상한 시점보다 10년 앞서 인간 바둑 세계 챔피언을 꺾었다.
이세돌은 세계 타이틀을 18회 차지한 기사였고, 알파고는 이 대국으로 컴퓨터 바둑 프로그램 최초의 프로 9단 인증을 받았다. 딥마인드는 알파고의 승리가 신경망을 복잡한 영역에 적용할 수 있음을 입증했다고 평가했다. 강화학습은 기계가 시행착오를 통해 어려운 문제를 스스로 학습하는 방식을 보여줬다고 설명했다. 알파고가 앞을 내다보고 계획하는 능력도 이후 AI 시스템에서 활용되고 있다고 밝혔다.
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