제주 주택 보유에 따른 양도세 부담, 읍·면 농가주택도 특례가 막히는 이유는?

제주 읍·면에 있는 농가주택이라도 서울 아파트를 팔 때 농어촌주택 특례를 받지 못할 수 있다. 시골처럼 보이는 풍경보다 토지이용계획상 용도지역 등 서류에 기재된 조건이 적용 여부를 가른다.

서울 성동구 아파트에서 18년간 살아온 은퇴자 박인석씨(가명)는 3년 전 제주 애월읍 귤밭 한가운데 있는 2억원짜리 농가주택을 샀다. 이후 18년 전 3억2000만원에 산 아파트를 15억원에 팔았고, 국세청은 박씨를 2주택자로 보고 3억원이 넘는 양도소득세를 고지했다.

농가주택이 토지이용계획상 자연녹지지역으로 분류돼 있었기 때문이다. 자연녹지지역은 국토계획법상 도시지역의 녹지지역에 속한다.

농어촌주택 특례는 수도권 밖 읍·면에 주택이 있다는 이유만으로 적용되지 않는다. 주택이 도시지역이나 조정대상지역, 토지거래허가구역, 관광단지 등에 속하지 않아야 한다.

특례를 적용받으면 1가구 1주택자는 양도가액 12억원까지 비과세 혜택을 받을 수 있고, 18년 보유·거주한 박씨의 경우 장기보유특별공제율은 최대 80%에 이를 수 있다. 특례가 적용되지 않으면 12억원 비과세가 사라지고 공제율도 최대 30%로 낮아진다.

보도된 사례에서 특례가 적용됐다면 세금은 500만원대였을 것으로 제시됐다.

매수 전에는 정부의 토지이음 사이트에서 해당 지번을 검색해 토지이용계획을 확인해야 한다. 강원 양양·강릉과 제주처럼 외지인 투자가 몰리고 개발 호재가 있는 지역은 읍·면이라도 도시지역으로 지정된 곳이 적지 않다.

인구감소지역의 일부 도시지역이나 기회발전특구처럼 예외가 있을 수 있으므로, 적용 여부가 모호하면 전문가에게 확인하는 것이 안전하다.

취득 순서와 보유 기간도 중요하다. 서울 아파트 같은 일반주택을 먼저 보유한 뒤 농어촌주택을 사야 특례를 적용받을 수 있다. 기존 주택을 비과세로 양도한 뒤에도 농어촌주택을 3년 이상 보유해야 한다. 그 전에 팔면 면제받은 양도세를 시골집을 판 달의 말일부터 2개월 안에 납부해야 하며, 기한을 넘기면 가산세가 붙는다.

공익사업에 따른 수용이나 상속, 멸실 등 부득이한 사유는 예외로 인정될 수 있다. 이 특례는 2028년 12월 31일까지 취득한 농어촌주택에 적용된다.