임대 종료 아파트 세금 부담, 매도 시점에 따라 무엇이 달라지나

2026년 10월부터 임대사업자 관련 소득세법 시행령 개정안이 시행되면서, 의무임대기간이 끝난 조정대상지역 매입임대 아파트의 처분 시점이 중요해졌다. 요건을 갖춘 주택도 2027년 12월 31일까지 팔아야 다주택자 양도소득세 중과를 피하고 장기보유특별공제 50% 특례를 온전히 받을 수 있다.

이전에는 의무기간을 채운 뒤 언제 팔아도 중과 배제 혜택을 받을 수 있었다.

대상 주택은 임대 개시 당시 기준시가가 6억원 이하(비수도권은 3억원 이하)여야 한다. 등록 시기에 따라 의무임대기간 5년 또는 8년을 채우고, 임대료 증액률 5% 제한과 지방자치단체·세무서 등록 요건도 충족해야 한다. 비조정대상지역 주택과 다가구·다세대·빌라·오피스텔은 이번 처분 시한 대상이 아니다.

2027년 1월 1일에도 의무임대기간이 남아 있거나 재건축·재개발 중인 주택은 각각 의무기간 종료일 또는 이전고시일부터 1년까지 기존 특례를 적용받을 수 있다.

장기보유특별공제 50% 특례는 국민주택규모 이하 아파트를 8년 이상 임대하는 등 별도 조건을 충족해야 한다. 조정대상지역 매입임대 아파트는 2028년에 팔면 공제율이 30%로 낮아지고, 2029년부터는 특례가 적용되지 않는다. 다만 이 특례는 조세특례제한법 사항으로, 개정안이 국회 처리를 거쳐야 한다.

매도 시점은 계약일이 아니라 잔금 지급일이나 등기 접수일이 기준이다. 2027년에 계약해도 잔금이 2028년으로 넘어가면 혜택을 받지 못할 수 있다.

세액 비교는 8년 의무임대가 끝난 조정대상지역 아파트를 20억원에 팔고 양도차익이 10억원인 2주택 임대사업자를 가정한 가현세무법인의 사례다. 2027년 말까지 팔면 장기보유특별공제 5억원을 적용해 세금이 약 1억9000만원이다.

2028년에는 공제액이 3억원으로 줄고 세율에 10%포인트가 더해져 약 3억6000만원, 2029년 이후에는 공제가 사라지고 세율에 20%포인트가 더해져 약 6억4000만원으로 늘어난다. 이 가정에서는 2029년 이후 세액이 2027년의 3.4배 수준이다.

기한을 맞추기 어렵다면 거주주택 비과세를 먼저 적용해 1주택으로 만든 뒤 중과 배제를 적용받는 방안도 검토할 수 있다. 세입자가 거주 중인 경우에는 임대차 만료 시점과 계약갱신청구권 사용 여부도 매도 일정에 영향을 준다.