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구강 칸디다증은 전형적인 병변의 모양과 위치를 확인하는 임상 소견을 중심으로 진단한다. 위막성 병변은 뺨 안쪽, 입천장, 잇몸, 혀 등에 크림색 흰 반점으로 나타나며 점막에서 긁어낼 수 있다.
진단을 확인할 필요가 있으면 병변을 긁어 얻은 검체를 KOH로 처리해 현미경으로 살펴볼 수 있다. 이 검사는 효모나 균사를 확인하는 데 쓰이며, 필요에 따라 배양검사도 시행한다.
구강 안에는 증상 없이 칸디다균이 존재할 수 있어 배양검사 양성만으로 감염을 확진하지는 않는다. 검사 결과는 병변을 비롯한 임상 소견과 함께 해석해야 한다. 과형성 병변은 백반증과 구별이 필요하며, 항진균 치료 뒤에도 병변이 남으면 생검을 고려한다.
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