개인종합자산관리계좌(ISA)는 계좌 안에 담긴 금융상품에서 발생한 이익과 손실을 합산하고, 그 결과 남은 순이익을 기준으로 과세하는 구조다. 상품별 이익을 각각 따로 보는 방식과 달리 계좌 안의 손익을 함께 계산한다.

예를 들어 한 상품에서 이익이 나고 다른 상품에서 손실이 발생했다면, 두 결과를 합산한 뒤 순이익을 과세 기준으로 삼는다. 이 원리는 예·적금, 펀드, ETF 등 여러 상품을 한 계좌에 담아 통합 관리하는 ISA의 특징과 연결된다.
다만 제공된 금융위원회 자료에는 구체적인 세율이나 세부 계산 조건이 담겨 있지 않다. 따라서 실제 세금 규모를 판단하려면 이 설명만으로는 부족하며, 개별 상품의 결과와 적용 조건을 추가로 확인해야 한다.