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2026년 10월 2일 검찰청이 폐지되고 공소청과 중대범죄수사청이 출범했다. 수사기관이 사건을 수사하고 공소청 검사가 기소 여부를 판단해 재판에서 공소를 유지하는 체계로 바뀌면서, 기관 사이의 사건 처리와 협력이 초기 과제로 떠올랐다.
공소청 검사는 직접 수사하거나 보완수사를 할 수 없다. 경찰 등 수사기관에 보완수사를 요구했을 때 이행에 시간이 걸리면, 필요한 내용을 보완하고 기소 여부를 판단하는 과정이 늦어질 수 있다는 우려가 나온다.
수사와 공소유지를 각각 맡게 되면서 관련 경험과 업무 지식을 새 기관으로 어떻게 이어갈지도 관건이다. 수사 단계에서 확보한 내용이 기소와 재판 대응으로 연결되려면 기관 간 협업과 함께, 업무 경험을 가진 인력이 적절히 배치돼야 한다.
검찰 수사관의 재배치도 전환기 과제다. 인력 이동이 원활하지 않거나 새 기관의 조직과 사건 처리 시스템이 제때 자리 잡지 못하면 업무 공백이 생길 수 있다. 제도 개편 뒤 사건이 실제로 어떤 속도로 처리되는지는 보완수사요구 이행, 인력 배치, 기관 간 업무 체계가 얼마나 안정적으로 정착하는지에 달려 있다.
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