육아휴직 제도가 보장돼 있어도 중소기업이 육아휴직을 반기기 힘든 이유는 한 명의 공백이 곧바로 조직 운영의 빈자리로 이어지기 때문이다. 인력이 적은 사업장에서는 휴직자의 업무를 나눠 맡거나 새 인력을 구하는 일이 동시에 발생한다.

가장 큰 문제는 대체인력 확보다. 업무 내용을 빠르게 익혀 일정 기간만 일할 사람을 찾기 쉽지 않고, 채용과 교육에 드는 시간도 부담이 된다. 전문성이나 거래처 대응처럼 기존 직원의 경험에 의존하는 업무일수록 공백을 메우기가 더 어렵다.
대체인력을 구하지 못하면 남은 직원들이 업무를 나눠 맡는다. 업무량이 늘어난 동료 직원의 피로와 불만이 쌓일 수 있고, 소규모 팀은 일정 지연이나 고객 대응 차질로 이어질 가능성도 있다. 회사가 육아휴직 자체보다 그 기간의 운영 공백을 걱정하는 배경이다.
휴직자가 복귀한 뒤의 배치도 중소기업에는 변수다. 휴직 기간에 업무 체계가 바뀌었거나 대체인력을 유지해야 하는 상황이 생길 수 있다. 복귀 뒤 퇴사할 가능성까지 고려하면, 회사는 채용·교육 비용과 업무 인수인계 부담을 반복해서 떠안을 수 있다고 본다.
정부의 대체인력 지원제도는 이런 부담을 줄이기 위한 장치지만, 현장에서는 지원만으로 채용난과 업무 적응 문제까지 해결되지는 않는다는 지적이 나온다. 지원이 있어도 적합한 인력을 제때 구하지 못하면 소규모 사업장의 부담은 그대로 남는다.
중소기업의 육아휴직 부담은 제도에 대한 반대라기보다 적은 인원으로 발생하는 업무 공백과 대체인력 채용의 어려움에서 출발한다. 정부 지원이 운영되더라도 채용, 교육, 복귀 뒤 인력 배치까지 이어지는 현실적 부담이 남아 있다.