박진영이 진화론을 받아들이기 어렵다고 밝히며 든 대표적 근거는 인간과 침팬지의 혈액을 섞거나 수혈했을 때 생길 수 있는 거부 반응이다. 박진영이 진화론을 믿지않는 이유를 묻는 관심은, 생물학적 유사성이 크다면 혈액도 문제없이 섞여야 하는 것 아니냐는 그의 문제 제기에서 출발한다.

그의 논리는 혈액형과 수혈 적합성의 차이가 인간과 다른 동물 사이에 뚜렷한 경계를 보여준다는 쪽에 가깝다. 인간과 침팬지가 매우 비슷한 유전 정보를 가졌다는 설명만으로는, 실제 혈액이 오갈 때 나타나는 면역 반응과 부작용을 충분히 설명하기 어렵다고 본 것이다.
다만 과학계에서 수혈 거부 반응은 진화론의 옳고 그름을 가르는 근거로 다뤄지지 않는다. 수혈은 혈액형 항원과 면역계의 정밀한 반응이 얽힌 문제이며, 인간끼리도 혈액형이나 적합성이 맞지 않으면 심각한 거부 반응이 일어난다. 인간과 침팬지의 공통 조상이라는 진화론의 설명도 두 종의 혈액이 서로 수혈 가능해야 한다는 뜻은 아니다.
또 진화론은 오늘날의 인간이 침팬지에서 바로 태어났다고 말하는 이론이 아니라, 인간과 침팬지가 과거의 공통 조상에서 갈라져 각기 다른 변화를 거쳤다는 설명이다. 박진영의 발언은 이런 과학적 설명보다 인간의 기원을 창조와 목적의 관점에서 이해하려는 그의 종교적 세계관과 맞닿아 있다. 결국 논쟁의 핵심은 혈액 현상 하나라기보다, 인류의 기원을 무엇으로 설명할 것인가에 대한 서로 다른 출발점에 있다.
박진영은 인간과 침팬지 사이의 혈액·수혈 거부 반응을 들어 진화론에 의문을 제기했다. 그러나 과학계는 수혈 적합성을 면역 반응의 문제로 설명하며, 이를 공통 조상 개념의 반증으로 보지 않는다.