개인정보 CI 분리는 CI가 단독으로 개인을 바로 식별하기 어렵더라도, 다른 정보와 결합하면 특정인을 알아볼 수 있다는 점에서 개인정보로 취급되는 문제를 가리킨다. 본인확인 업무에서는 이 정보를 어떻게 보관·연계하느냐가 핵심이며, 공개된 운영 기준은 시스템 분리와 CI·DI 미저장을 제시한다.

CI는 직접적인 식별이 어려운 정보여도 다른 정보와 결합해 개인을 특정할 수 있으면 개인정보에 해당한다. 따라서 “이름이나 주민등록번호처럼 즉시 신원을 드러내는가”만으로 개인정보 여부를 판단할 수는 없다.
본인확인시스템은 다른 시스템과 분리해 운영해야 한다. 또한 해당 시스템 내부에는 CI와 DI를 저장하지 않도록 운영하는 내용이 제시돼 있다.
CI의 핵심 쟁점은 정보 하나만 떼어놓고 보았을 때의 식별 가능성이 아니라, 다른 정보와 합쳐졌을 때 특정인을 알아볼 수 있는지다. 제공된 개인정보 보호법 해설 자료는 이런 결합 가능성을 근거로 CI를 개인정보에 해당한다고 설명한다.
이는 CI를 단순한 기술 정보나 별도 관리 대상이 아닌, 개인정보 보호 관점에서 다뤄야 하는 정보로 이해해야 한다는 뜻이다. 다만 공개된 내용만으로는 CI를 어떤 다른 정보와 결합하는 경우가 있는지, 개별 사업자의 구체적 처리 방식까지는 확인되지 않는다.
본인확인기관 심사 관련 교육자료에서 제시된 운영 방향은 본인확인시스템을 다른 시스템과 분리하는 것이다. 여기에 더해 시스템 내부에 CI·DI를 저장하지 않도록 하는 기준도 함께 언급된다.
따라서 이 검색어에서 말하는 ‘분리’는 단순히 정보를 구분해 표시하는 수준이 아니라, 본인확인시스템과 다른 시스템을 분리해 운영하고 CI·DI를 시스템 내부에 저장하지 않는 방향을 뜻한다. 자료에 제시된 범위 밖의 저장 기간, 별도 보관 방식, 기술적 구현 방법은 공개된 내용만으로는 확인되지 않는다.